В 2002 году постановлением мэра Ростова-на-Дону было создано муниципальное учреждение «Чистый город», которое выступило в роли заказчика услуг по удалению твердых бытовых отходов в центральной части южной столицы Для выполнения этих заказов было создано муниципальное предприятие ЖКХ «Центр» В 2009 году в соответствии с требованиями Федерального закона «О приватизации государственного и муниципального имущества» МП «Чистый город» было реорганизовано в открытое акционерное общество. Единственным учредителем и владельцем 100% акций ОАО «Чистый город» является Муниципальное образование — город Ростов-на-Дону в лице Департамента имущественно-земельных отношений. В 2012 году произошло последнее изменение в форме собственности компании: в целях оптимизации системы удаления отходов и снижения издержек, распоряжением ДИЗО было принято решение о реорганизации ОАО «Чистый город» в форме присоединения к нему ОАО «Полигон» После слияния уставной капитал ОАО «Чистый город» составил 966 738 670 рублей.