В настоящее время продолжается освоение, развитие и внедрение новейших технологий, оснащение и модернизация отделений и лабораторий института современным медицинским оборудованием, разработка новых научно-исследовательских направлений: методов неинвазивной (молекулярно-генетический и биохимический) и совершенствование инвазивных методов пренатальной диагностики; выявление молекулярно-клеточных маркеров нарушения имплантации и осложненного течения беременности (невынашивание, преэклампсия, задержка роста плода), а также инфекционных осложнений у матери и плода, изучается протеомный профиль биологических сред, проводится определение роли тромбофилий в развитии осложнений беременности и родов; разрабатываются и внедряются в практическое здравоохранение протоколы оказания специализированной медицинской помощи женщинам с осложненным течением беременности, родов и послеродового периода; разрабатываются принципы мониторирования новорожденных детей, включая с низкой и экстремально низкой массой тела и многое другое. За последние 15 лет сотрудниками института опубликовано около 4000 печатных работ, издано более 20 монографий, учебников и руководств. В структуре института функционирует 19 подразделений и 8 лабораторий, 5 научных отделов, в которых работают 16 докторов медицинских наук, 5 докторов биологических наук, 7 профессоров, 92 кандидата медицинских и биологических наук, 1 Заслуженный деятель науки РФ, 1 Заслуженный изобретатель РФ, 1 Заслуженный работник здравоохранения РФ. Всего в штате института 78 научных сотрудников. Наряду с научными сотрудниками в лечебно-практической работе участвуют 105 врачей акушеров-гинекологов, неонатологов, анестезиологов-реаниматологов, терапевтов, дерматологов, андрологов, генетиков, иммунологов, биохимиков, эмбриологов, психологов, физиологов, биологов, лаборантов, в том числе 55 врачей высшей квалификационной категории. Основные направления работы клиник института: оказание консультативно-диагностической, лечебной и реабилитационной специализированной, в том числе высокотехнологичной помощи, наиболее тяжелому контингенту беременных женщин, рожениц, родильниц, новорождённых детей и детей раннего возраста с последствиями перинатальной патологии, эндокринной патологией; женщинам с нарушениями репродуктивной функции в различные периоды онтогенеза, на основе использования современных лечебно-диагностических технологий; супружеским парам с бесплодием, включая вспомогательные репродуктивные технологии. Клиническая база института включает: амбулаторно-консультативное отделение, стационары (на 360 коек) акушерско-гинекологического, неонатологического, педиатрического профилей, лабораторно-диагностический блок, состоящий из отделения ультразвуковой, лучевой и функциональной диагностики, лабораторий (микробиологической, генетической, биохимической, иммунологической, иммуноферментного анализа, ДНК-диагностики), а также отделение охраны репродуктивного здоровья и вспомогательных репродуктивных технологий. В НИИ ежегодно консультируются и получают лечебно-диагностическую помощь свыше 8 000 женщин и детей, ежегодно родоразрешаются около 1500 беременных (из них более 90% высокого перинатального риска) с ЮФО и СКФО и других территорий России и зарубежья. В лечебно-диагностическом процессе используются самые современные технологии, предложенные и усовершенствованные сотрудниками НИИ. Благодаря успехам научных школ института на базе клиник были созданы в 2012-2013 годах три научно-практических центра: Центр сахарного диабета, Центр по изучению и лечению эндометриоза и Центр охраны репродуктивного здоровья девочек-подростков, интересы которых комплексно охватывают проблемы репродукции женского и подросткового организмов, а также их адаптационные особенности с позиций эндокринного статуса. Скоро начнет свою работу Центр охраны репродуктивного здоровья мальчиков-подростков, актуальность открытия которого назрела в связи с имеющейся действительностью. Продолжается совершенствование и повышение эффективности программ вспомогательных репродуктивных технологий. С 2013 года начата работа по восстановлению и сохранению фертильности у супружеских пар, один из партнеров в которых болен онкозаболеванием. Активно развивается медико-генетическая служба в институте. В течение последних лет разработан и внедрен высокоинформативный метод количественной флюоресцентной ПЦР-диагностики хромосомных трисомий, который позволил снизить риск осложнений при инвазивной диагностике до 0,5% и позволяет получить достоверный (99,9%) результат в течение двух дней. Этот метод в настоящее время внедрен в небольшом числе лабораторий в мире. Такая организация современной службы пренатальной диагностики позволяет выявлять до 90% врожденной и наследственной патологии. Лабораторные исследования, проводимые в НИИ являются актуальными и современными: кариотипирование, молекулярно-генетические исследования наследственной патологии (муковисцидоз, спинально-мышечная атрофия, нейро-сенсорная тугоухость, миодистрофия Дюшена-Беккера